Исчезновение Харухи Судзумии

Наступает декабрь, и глава клуба SOS, Судзумия Харухи, объявляет, что Рождество будет проведено в клубе с рождественским ужином. Все члены клуба с энтузиазмом принимаются за подготовку. Однако, вскоре после этого, Кён начинает замечать странности. Разговор с Танигути становится невозможным, а тот внезапно заболевает и не помнит вчерашних событий. В классе нет Харухи, а Рёко Асакура, казалось бы, воскресла и сидит на её месте, ведя себя как ни в чём не бывало.

Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Нагато, которая раньше была членом литературного клуба, теперь предстаёт перед ним как обычная девушка. Все эти странности заставляют Кёна задуматься: а существует ли вообще бригада SOS и Судзумия Харухи? Всё, что он знал о школе и её обитателях, кажется, растворилось в воздухе. Кён оказывается в мире, где никогда не было его друзей и клуба, который они создали вместе.

В поисках ответов Кён начинает исследовать этот новый мир, надеясь найти хоть какие-то улики, которые помогут ему вернуться к прежней реальности. Он понимает, что единственный способ разгадать тайну – это найти Харухи и других членов SOS. Но как это сделать, если они никогда не существовали? Кён отправляется в путешествие по параллельному миру, где каждый шаг может привести его к разгадке, но и к новым загадкам.